JNLF
Envoyer
 
imprimer

Résumé JNLF Lyon 2010

Comparaison de deux approches pour la recherche de biomarqueurs à partir du transcriptome des cellules périphériques dans la maladie de Parkinson
Fanny Charbonnier-Beaupel (1), André Toriano (1), Marie Vidailhet (1), Alexandra Dürr (1), Alexis Brice (1), Jean-Christophe Corvol (1)
(1) Paris
Résumé
Introduction

L’analyse de l’expression génique à haut débit peut être utilisée pour identifier des biomarqueurs mais l’intégrité des ARN après prélèvements et la reproductibilité doivent être contrôlées.

Objectifs

Comparer la reproductibilité et la stringence de l’étude du transcriptome à partir de cellules périphériques congelées (PBL) ou d'une nouvelle technique de conservation de l''ARN (PaxGene) dans la maladie de Parkinson.

Méthodes

Le transcriptome d’échantillons sanguins de 20 patients parkinsoniens et 10 sujets témoins on été comparés à partir de tubes PaxGene ou de cellules isolées par gradient de Ficoll. L’ARN total a été hybridé sur puces à ADNc (Illumina HumanHT-12-v3) après réduction en ARN de globine pour les tubes PaxGene. La qualité de l’ARN a été contrôlée par bioanalyseur (Agilent) durant toute la procédure puis l’analyse a été menée en utilisant les programmes BRB array tools et GSEA.

Résultats

La qualité de l’ARN était meilleure à partir des PBL que des PaxGenes (RNA integrity number 7,8 +/- 0.9 versus 6,3 +/- 1.4, p =0.008). L’analyse en composante principale montrait une reproductibilité similaire entre les PaxGenes et les PBL. Le nombre de gènes étudiés étaient de 9023 pour les PBL et de 8315 pour les PaxGene. Le nombre de gènes significativement différents chez les patients avec courte (< 5 ans, n = 11) ou longue (> 10 ans, n = 9) durée d’évolution était de 72 avec les PaxGenes et de 129 avec les PBL.

Discussion

A partir des tubes PaxGene, les gènes différemment exprimés codaient pour des protéines impliqués dans la présentation d’antigène (ratio d’enrichissement (RE) = 26, p = 3e-6) et la réponse immune (RE = 4, p = 0,002) selon les Gene Ontology. Dans les PBL, les gènes codaient pour des protéines de la réponse inflammatoire (RE = 11, p = 5e-17) et des cascades de signalisation (protéines kinases, RE = 4, p = 7e-5).

Conclusion

Nous avons obtenu une meilleure qualité d’ARN et plus de gènes différemment exprimés avec les PBL qu’avec la technologie PaxGene. La signification biologique des gènes corrélés à l'évolution de la maladie reste à déterminer.

Informations complémentaires
Financement appel d'offre recherche translationnelle INSERM/DHOS

Mots Clés

Dégénérescence
L. DOPA
Journées de Neurologie de Langue Française - 52 avenue des Vosges - 67000 Strasbourg